dim5x

Учи основы работы с файлами в питоне и включай голову.
Чтение и запись в файл производится по т.н. текущей позиции. При открытии файла текущая позиция стоит в начале файла, а при чтении/записи она смещается на длину прочитанного/записанного.
А теперь смотри что ты делаешь. У тебя есть вызов fr = f.readlines(). Он построчно прочитает всё содержимое файла в список, и сохранит список в переменную fr. При этом текущая позиция окажется в конце файла - ты же прочитал всё содержимое.
Как следствие, все дальнейшие вызовы read() и readlines() не смогут прочитать НИЧЕГО - ты уже в конце файла, дальше ничего нет. Они будут возвращать пустую строку или пустой список - а ты этого явно не ожидаешь.
Раз уж ты читаешь весь файл в fr - то и дальше работай не с файлом, а со списком fr. Ну и проверка на chat_id у тебя кривая - что, если так совпадёт, что твой chat_id будет содержаться внутри второго значения (токен)? Такое может произойти, хоть это и маловероятно.

Я бы посоветовал не выпендриваться со своим форматом данных в текстовике, а использовать модуль json. Он гораздо удобнее для хранения структурированной информации. А если указать правильные параметры при записи в файл, то полученный файл будет более-менее человеко-читаемым.

Ботописатель... я тебе секрет скажу.

prefix = "!"
s = "!ping"
if s.startswith(prefix):
    command = s[len(prefix):]  # срезы в питоне? не, не слышал
    print('Команда', command)
else:
    print('Это не команда')

Самое простое - временно отключить простой ssd.
Далее, если загрузка с m2 прошла, разбираться с порядком загрузки.