1. использовать сервис по управлению проектами и визуализацией загрузки дизайнера
2. нанять еще дизайнера, если такая высокая конкуренция, проекты будут тормозиться. Дизайнеры - люди творческие, могут не укладываться в установленные сроки
3. установить приоритет проектов
4. оптимизировать работу дизайнера, высвободив его от части задач
Для построения многих типов бизнес-схем, включая блок-схемы, диаграммы Ганта и UML я использую онлайн сервис Creately (creately.com/). Он довольно прост в использовании, позволяет сделать различные макеты и схемы и розшарить их на нужный круг людей.
Немного не понятно про какую CRM идет речь, и какое ПО обеспечивает звонок.
Если надо разработать такой функционал, то берите Asterisk в качестве сервера телефонии и взаимодействуйте с ним из PHP по средствам AMI интерфейса. Для PHP есть библиотека phpagi phpagi.sourceforge.net
Для этих целей хорошо подходит dropbox, файлы могут храниться как локально, так и удаленно.
По поводу структуры, это вопрос личных предпочтений, как вам удобней.