$ grep -rl искомый_текст /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/искомый_текст/заменяемый_текст/g'
$ grep -rl '<?' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?/<?php/g'
$ grep -rl '<?php=' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?php=/<?=/g'
$ grep -rl '<?phpphp' /путь/до/папки/* | xargs perl -p -i -e 's/<?phpphp/<?php/g'
которые не внутри строк