Плюсую предыдущих ораторов. Встряли вы конкретно, и своими силами не управиться, привлекайте серьёзных интеграторов для решения. И готовьте денег, конечно -- на оплату их услуг, на новое оборудование.
Сеть должна быть сегментирована. На как можно более мелкие сегменты, чтобы легче было резать всё к чёртовой матери, не дожидаясь перитонитов. Как конкретно резать -- пусть вам расскажет интегратор после анализа карты информационных потоков в вашей сети. Есть железо, которое строит такие карты на основании данных с сетевого оборудования -- кто, куда и по каким протоколам ходит, на основании этой карты будет понятно, как сегментировать сеть и как нарезать ACL между сетями.
Возможно, придётся внедрять некий анализатор трафика, который по определённым сигнатурам в пакетах будет блочить порты -- это, наверное, единственный способ сохранить ваши старые ОС и при этом иметь хоть какое-то подобие защиты от сетевых червей. Ну и все остальные комплексные меры тоже -- расстановка файрволов, жесточайший контроль за появлением новых устройств в сети и новых типов трафика (такого, например, как игровые сервера ;-) ).
Вот неплохие переводы двух CIS-овских регламентов, начинайте внедрять:
https://habrahabr.ru/company/pentestit/blog/338532/
https://habrahabr.ru/company/pentestit/blog/339206/