Собственно задача довольно просто решается с помощью такого батника:
@echo off
dir target_folder /b /s >newdir.txt
fc /b olddir.txt newdir.txt > nul
if errorlevel 1 (
echo different
) else (
echo same
)
del olddir.txt
rename newdir.txt olddir.txt
pause
Вместо echo different и echo same, соответственно, надо вставить запуск программы оповещения или вызов php скрипта с помощью wget-а. Скрипт сработает, если создан новый файл, удалён старый или переименован, но на изменение содержимого реакции не будет.
"раз в час" или "при включении компьютера" - это вы можете настроить с помощью планировщика задач windows