прокси где прописан? Если в настройках сети смотри ниже, в браузере сложнее
Про сети убрать пользователя из группы netdev
chmod 700? а разве владелец файлов в home не сам пользователь просто именно там лежат настройки персонализации папки скрытые имена начинается с точки это и есть конфиги пользователя например ./remmina
Для конфигов которые не надо менять пользователю в папке пользователя
chown root:root
chmod 755