Как правильно написали
@voiddancer и
@nazarpc абсолютно не важно где у вас лежит файл на диске. Это html. Он разбирается браузером на стороне клиента. Он знает url по которому запросили страницу и больше не знает ничего.
Ссылки с "/" в начале загружаются от имени домена.
Ссылки без - от текущего пути.
Т.е если у Вас url страницы
mysite.ru/partners
то "/css/all.css" будет искаться
mysite.ru/css/all.css
а "css/all.css" -
mysite.ru/partners/css/all.css
Собственно это все можно легко посмотреть в консоли браузера.
Если у Вас есть точное понимание что сайт всегда будет жить на отдельном домене - пишите ссылки вида "/css/all.css".
Если такого понимания нет - заведите переменную
$basepath = 'http://mysite.ru'
в конфиге сайта и в php генерите абсолютные ссылки:
$basepath . '/css/all.css'
Использовать тег base я бы не рекомендовал, т.к во первых мне кажется неправильным правка html макетов при смене домена, а во вторых я многократно сталкивался с его странным поведением в различных браузерах.