Если по каким-то техническим причинам ключи нужно хранить именно в этой директории, значит объяснение этой причины будет зачётным ответом на этот вопрос.
Это стандартная директория, с которой работает openssh.
И вроде нет никаких способов её переназначить.
Аналогично и в других ОС.
2. Добирать до папки .ssh не очень удобно, да и смысл её имени неочевиден.
~/.ssh - это не очевидно?
В ней хранится всё что относится к ssh конкретного пользователя: ключи и доверенные хосты
1. Системный диск более уязвим по сравнению с второстепенным (ну или является приоритетной целью злоумышленников - должна же быть какая-то причина, по которой сохранять резервную копию системы на системный диск смысла не имеет).
Когда генеришь ключ - можно указать пароль, тогда злоумышленники ничего не смогут сделать с твоими ключами.
2. Добирать до папки .ssh не очень удобно, да и смысл её имени неочевиден.
Вкусовщина и непонимание используемых инструментов.
Добираться до неё нужно полтора раза в жизни, чтобы написать
cat ~/.ssh/id_rsa.pub
Ввиду этой логики, я думаю что можно на диске `D` (или другом несистемном) создать папку `SSH Private Keys` (или даже по-русски - `Приватные ключи SSH`) и хранить их там. Единственное, при наличии нескольких пользователей необходимо ограничить доступ к этой папке.
Почему бы тогда программы устанавливать не в "C:\Program files", а в "D:\Все программы"?
Вот мне неочевидной кажется идея хранить публичные ключи в папке "D:\Приватные ключи SSH" тем более на русском языке.
Если боитесь, что при выходе диска из строя, вы потеряете ключи, то да - вы их потеряете.
Можете сделать резервные копии на несколько внешних носителей.
Хотя не вижу в этом большой проблемы - всегда можно сгенерить новые и прописать заново на серверах.
