Но сами подобные метания более характерны не для уверенно владеющих "освоенными" технологиями, а для нахватавшихся по верхам и заскучавших без новых впечатлений.
И вообще, безопасность папки прописана в её свойствах, не имеет значения, системный это диск или нет.
Вторая часть вопроса тоже не совсем понятна. Что именно не очевидно в пути ~\.ssh?