Был неудачный опыт работы с ментором и это был большой подводный камень.
какая у тебя ошибка выдается, если отвалилось соединение с БД?
а если не хватает ОЗУ?
В логах PHP?
На самой странице, где выполняется код?
У меня такие ошибки никогда не выводились. Я догадывался о них интуитивно. Как раз таки пробуя менять лимиты.
По ссылке передается только то, что указано передавать по ссылке, в том числе массивы. Объекты хоть и не создаются заново при передаче в переменную, это не тоже самое, что передача по ссылке, там есть свои нюансы.
И, хотя, я не согласен с Ипатьев по поводу php "запустился, поработал долю секунды, завершился", очень часто работал с демонами, которые работают неограниченно долго. Но, согласен, вопрос "на стеке или в куче" для php не столь актуален. Хотя теоретически вопрос очень интересный, насколько знаю, с 7 версии zval хранятся именно в стеке, но не смогу рассказать подробно как организуется хранение, сам хочу поизучать вопрос.