Да, можно, но необходимо указать в этом документе, что конкретно с Вас, с системного администратора снимается ответственность за установленное пользователем ПО, обозначается, что пользователь несёт полную ответственность. Можно указать список программ, за которые несёт ответственность системный администратор.
Подписать этот документ должен каждый пользователь и получить копию документа.
Помимо этого должен быть соответствующий приказ руководителя о таком положении, т.е. самолично, без руководителя подобное мероприятие будет незаконным.
И ещё должны быть внесены по необходимости корректировки в служебные обязанности. У системного администратора необходимо обратить внимание на пункт о мониторинге установленного ПО.
Несмотря на такие сложности, подобное при наличии адекватного руководство можно организовать. Коллега по работе, сисадмин организовывал подобное и проходил проверки.