если зайти сначала на важный сабдомен, а потом в соседней вкладке открыть не очень важный - то все норм, тянется новый серт
Какую модель угроз вы себе представляете, даже открыв 3389 на компе и оставив винду без авторизации?Подключение к VPN с компьютера даст возможность владельцу VPN-сервера обращаться к порту программы, а в части случаев такая возможность появится у любого клиента VPN-сервера (если подключения между клиентами разрешены на сервере).
Если неудобно в том смысле, что не получается настроить маршрутизацию только для торрент-клиента, то это легко решить добавлением маршрута VPN-подключения по умолчанию с высокой метрикой (выше, чем у основного соединения) и указанием использовать сетевой интерфейс VPN в торрент-клиенте.