Вот буквально недавно был спор на эту тему, мы рассматривали следующие варианты:
1. SVN up — быстро, удобно, надежно (если правильно настроить доступ к директориям .svn) — лично я, всеми руками «за» — уже не один год использую такой метод на «боевых» серверах
2. SVN Export — в принципе ничего сложного, но есть одно «НО», действительно перезаписывается все, в том числе и то, что не надо, как по мне — очень не удобно (менять конфиги, .htaccess и т.д), также существует проблема что-то забыть — все мы люди и от механических ошибок никто не застрахован.
3. Использовать что-то типа
Bamboo (она плантная), сам я ее не смотрел, но говорят что штука гибкая и ее можно настроить на подъем свна и другую механику, все те же конфиги, обновления и т.д. и т.п.