Функция set_time_limit() и директива max_execution_time влияют на время выполнения только самого скрипта. Время затраченное на различные действия вне скрипта, такие как системные вызовы функции system(), потоковые операции, запросы к базам данных и т.п. не включаются в расчет времени выполнения скрипта.
brew install nginx
brew install php54 --with-fpm