На java работают в основном стартапы, крупные сетевые компании, банки и различные провайдеры телефонии, нета, телекома и прочее, которые не хотят иметь вендор-лок (по правде говоря, они его имеют, но это уже третье).
На .net работают производственные предприятия, государственный сектор, логистические компании, ретейл.
т.е. язык то похожий, но его сферы применения сильно различаются. Т.е. например, в США (до .net core - да и сейчас), вообще ни у кого нет идеи по принципу: а давай замутим стартап на .net, так как все знают, что в случае роста они разденутся на хостинг, базу данных, софт итд.
Плох ли .net из-за этого - Нет. Например, Bank of America имеет штат пользователей софта на .net больше (сотрудников банка), чем весь Гугл, Амазон и Оракл вместе взятыми.