php может использовать разные конфигурационные файлы в зависимости от режима работы.
$php -i | grep php.ini
укажет на конфиг, используемый в консоли сервера (ssh)
для определения конфига, используемого apache создаём php файл в корневой директории рабочего сайта и пишем в нём вызов phpinfo()
<?php
// Show all information, defaults to INFO_ALL
phpinfo();
?>
Открываем в браузере
mysite.com/phpinfo.php
Ищем строки php.ini
Остальные конфиги php.ini, например, используемые CGI можно поискать с помощью консольных утилит (так же по ssh), например, locate:
$updatedb ## обновляем список файлов ОС
$locate php.ini ## ищем php.ini (в ОС Ubuntu $mlocate php.ini)