Основное отличие -- это лицензии под которыми распространяются эти две обёртки над Qt.
PyQt5 распространяется под GPL и коммерческой лицензией.
PySide2 распространяется как Qt под GPL, LGPL и коммерческой лицензией.
Пишите открытое/свободное ПО -- можно использовать как PyQt5, так и PySide 2.o
Пишите закрытое/коммерческое ПО -- бесплатно можно использовать только PySide 2, а для использования PyQt5 потребуется покупать коммерческую лицензию.
И если Вы живёте, работаете на компанию или имеете клиентов в США и Евросоюзе -- различие существенное, судебные иски там бывают.
На постсоветском пространстве, я не припоминаю, чтобы кто-то подавал в суд из-за использования библиотек под лицензией GPL в коммерческих продуктах.
Если Вам непринципиально на каком современном GUI-тулките писать десктом-приложение. С Python, помимо обёрток над GUI-тулкитом Qt5 (PyQt5, PySide 2), можно использовать обёртку для GUI-тулкита Gtk3 -- см. документацию тут
Python GTK+ 3 и тут
PyGObject -- код GTK и необходимых для Python библиотек лицензирован под LGPL, что позволяет использовать их в коммерческих продуктах.
ДОПОЛНЕНО исходя из комментария автора вопросаНо меня интерисовала скорее производительность.
Старайтесь формулировать вопрос так, чтобы он отражал то, что Вас интересует.
В июне был открыт и в июле уже закрыт багрепорт по производительности одного из классов PySide2 в сравнении с тем же классом в PyQt5:
https://bugreports.qt.io/browse/PYSIDE-727
Если говорить о производительности в целом, то вопрос не имеет особого смысла.
Производительность обеих обёрток упирается в производительность компонентов Qt5.
Сравнивать производительность обеих обёрток надо по одинаковым кейсам.
Большая разница в производительности PySide2 и PyQt5 на одном и том же кейсе будет причиной для багрепорта и исправления в PySide2 или в PyQt5, соответственно.
Вы можете перестраховаться и 6-12 месяцев не трогать PySide2 со дня первого стабильного релиза (16.07.2018). Вдруг ещё остались недоработки, так пусть другие разработчики и компании используют PySide2 в продакшене на свой страх и риск сейчас, попишут разработчикам PySide2 багрепорты, а Вы получите от сообщества более стабильный и проверенный, не на Вас и не на ваших пользователях, продукт.
Так как один проект официальный, а второй нет.
Не совсем понятно, что такое официальный проект.
На сайте Qt есть раздел Qt для Python, сейчас там написано про PySide2:
doc.qt.io/qtforpython/index.html
Это при том, что PyQt5 вышла давно, а PySide2 после многих лет разработки стабилизировали недавно.
Возможно, лицензионная политика PySide2 больше устраивает разработчиков Qt5 и поэтому они решили продвигать PySide2.
В таком случае, PySide2 можно считать "официальным" проектом, а PyQt5 стало быть "кустарщиной".