Чем директории не устраивают? Это гораздо лучше. В этом случае можно посмотреть на вариант мультиязычности. Принцип похожий.
А вообще Joomla не поддерживает мультисайт.
Делайте на DLE и не парьтесь. Шаблоны там, не сложней, чем в MODX. Почитайте документацию. Не даром шаблонов под DLE целая гора, что лепятся они за 6 секунд.
