У вас все магазины одинаковые, чтоль? Смотрите, который подходит под конкретный проект. У коммерсов хотелок выше крыши. Я для себя выбрал CS-Cart, при условии, что нужен чисто магазин.
Хочет на фреймворке, сделайте. Если дольше получается, значит и цена соответствующая. Я для себя стараюсь использовать. Кто его знает, что завтра понадобится...
Зависит, чем вы пользуетесь. Для массовой работы с изображениями есть тот же tickets/msgallery/minishop и подобное. Для одиночных я думаю и сами справитесь, как правильно их разложить по директориям.
Посмотрите, как сделана новая сеть УАЗ. Реализовано на MODX. Но там немного другая схема, у каждого дилера свой сайт с ограниченным доступом, обновляется централизовано по cron.