Делайте снепшоты или бекапы.
В идеале об этом должно позаботиться ваше окружение. Чтобы весь сервер не ворочить, а сохранять только данные приложения. Например реплицировать базу данных.
Готовых CMS нет и быть не может. Это сложная и дорогая бизнес-схема и разрабатывается индивидуально.
Точнее CMS есть, но они вряд ли вам подойдут без существенной доработки. Например CS Cart Multivendor.
Десктопные функции и драйвера на Linux пилят по остаточному принципу. Если нормально с LiveUSB не завелось, лучше не брать. А ещё лучше запускать Linux в виртуальной машине.