Массив в поле работает до тех пор, пока вам не надо с этим массивом что-то делать, добавлять в него значения, убирать их, искать по ним.
Стандартно делается как-то так:
category(`id`, `name`, `parent_id`) - категории товаров
items(`id`, `name`, `category_id`) - товары
properties(`id`, `name`, `type`, `units`) - описание свойств
properties_values(`id`, `property_id`, `value`) - варианты значений свойств
categories_properties(`category_id`, `property_id`, `order`) - возможные свойства по категориям товаров
item_values(`id`, `item_id`, `value_id`) - свойства товаров