Rou1997

Во-первых, индексация массивов в C# начинается не с 1, а с 0, могли бы убедиться что это верно и для аргументов, обнаружив, что args[1] возвращает второй, а не первый аргумент.
Во-вторых, по-правильному в любом случае нужна проверка на наличие каждого аргумента, его может и не быть, программа должна не "вылетать", а выдавать "user-friendly" описание ошибки и завершаться.

В тестовом задании

Тестовое задание при учебе или при устройстве на работу?
Если второе, то... хм, однако. :)

Ничего не хранят, я не видел ни в APK, ни в DEX, ни в ELF.

или всё это мифы?

Какие еще мифы? Это что вопрос есть Бог или нет?
Есть спецификации всех форматов и есть средства, позволяющие разобрать их до каждого байта, если сомневаетесь то проделайте эту работу и все, заодно что-то путное сделайте, еще одно средство типа elfedit или gdb тоже не помешает, в первую очередь для реверс-инжиниринга, такие средства хоть и есть, но их дефицит и они не бывают лишними и идеальными тоже.

Сначала ADO.NET, затем EF если опредились уже с примерной работой и он требуется, а EF Core это тот же самый EF, только кроссплатформенный.
EF это ORM для ADO.NET, без ADO.NET его не бывает, а вот ADO.NET можно использовать и без него, вручную составляя SQL-запросы, если есть время то лучше начать именно с этого, кто бы что ни говорил.

Ошибка в том, что в onCreate у вас инициализируется локальная переменная, а не поле класса, к которому обращается onStart, поле остается null, довольно частая ошибка и конкретное API тут ни причем.

Разумеется, на то оно и API, по ссылке описание стандартного GET-запроса, протокол HTTP, в десктопных и мобильных приложениях с ним нет никаких ограничений, причем в данном случае API очень простое.

Удаляйте тот, на который указывает значение, возвращаемое sender(), вы же не копировали объект когда добавляли указатель в контейнер, а значит, это и есть тот же самый объект, не знаю насчет QMap, но обычно списки поддерживают удаление объекта без ключа или индекса, в специальный метод передаете указатель и список удаляет этот элемент.
Если с этим проблемы - то да, реализуйте собственную идентификацию.

Необходимо смотреть исходный код клиентов и серверов, и пользоваться сниффером для исследования, в ином случае реального понимания не будет, теория без практики годится только для курсовой работы и т.п., и не даст вам навыков в работе.

как они эмулируют мышь и клавиатуру?

С помощью API ОС, например на Windows есть WinAPI-функции mouse_event и keybd_event.

их связь c tcp/ip

Протоколы, реализованные в этих программах, реализованы поверх протокола TCP, то есть для передачи изображения с монитора и других данных там используется Berkeley sockets API, это API входит в Windows API и в другие ОС совместимые с POSIX, например Линуксы и OS X.
А каждый "пакет" содержит: заголовок Ethernet, заголовок IPv4, заголовок TCP, и наконец данные конкретного прикладного протокола такого как SSH.
Грубо говоря, протокол - это формат данных, которые содержатся в некоем условном "пакете" - фрагменте потока данных, передаваемых по сети. "Пакет" чем-то похож на файл, он так же является "кусочком" абстрактного множества байт (будь то в кабеле или на диске), и также как и файлы, "пакет" обычно имеет формат, это и есть протокол.
Именно в таких программах, как удаленные рабочие столы, протокол TCP используется "полноценно" или близко к "идеалу", то есть предусмотрена максимальная стабильность, вплоть до выявления и обработки обрывов сетевого кабеля или эквивалентных ему проблем с сетью Wi-Fi.

Основное - это практика, а почитать многое можно, Криса Касперски, старые архивы Wasm, exelab.ru, отдельные статьи на Хабрахабре по конкретным темам, но это лишь справочная информация и сама по себе она умения и понимания не создаст, да никто и не старался сделать нечто большее, чем предоставить справочник.
Реверсная инженерия, как и любая другая мало кем изученная область, априори требует творческий подход, быть выше конкретных справочников и "учителей", если вы на это не способны, то обратитесь к специалисту.