Плюсы программного: большая гибкость настроек, например, можно часть данных с диска держать в рейде часть нет, или в разных рейдах разные части, можно удобно переносить с сервера на сервер, легко расширять, легко мониторить.
Минусы программного: ниже производительность, выше сложность настройки, нет BBU.
Плюсы аппаратного: Выше скорость, ОС не видит что это рейд и работает с единым диском, не нужна поддержка рейда средствами системы, не чувствителен к резкой потери питания благодаря BBU, поддерживают разные интересные фишки типа CacheCade
Минусы аппаратного: хуже гибкость, нужно иметь всегда в запасе еще один рейд контроллер на случай выхода из строя основного, цена.
Плюсы вашего варианта: уже есть и работает, ничего делать не нужно.
Минусы: Собрал минусы из обоих подходов и нет ни одного плюса, программный костыль средствами биоса, восстанавливать хреново, от сбоев не застрахован, гибкости нет, BBU нет, не рейд, а одно название.