Ocelot

Таймер имеет два регистра совпадения OCR1A и OCR1B - по одному на канал. Когда значение таймера достигает значения OCR1A - срабатывает первый канал, когда OCR1B - второй.
Каждый канал можно настроить независимо от другого на генерацию прерываний, управление выводами ШИМ и т.п.

А еще пусть вас не вводят в заблуждение имена конфигурационных регистров TCCR1A и TCCR1B (еще TCCR1C иногда бывает), они никак не связаны с каналами, это просто один большой регистр, разбитый на несколько 8-битных кусков.

Допустим, нужно сгенерировать какой-нибудь семпл — кусок звуковой волны. Неважно, что это будет: синус или что посложнее.

1) Делим этот семпл на отсчеты. Каждый отсчет представляет собой мгновенное значение уровня сигнала (напряжение на обмотке динамика). Частота следования отсчетов — частота дискретизации — должна быть как мининум вдвое выше максимальной частоты воспроизводимого звука. Нужен голос (диапазон от 300 до 3800 Гц) — берем частоту дискретизации 7,6 кГц. Нужна музыка — еще выше.
Значения отсчетов можно хранить в виде массивов или генерировать на лету.

2) Каждому отсчету соответствует своя скважность ШИМ. Соотв., при частоте дискретизации 7,6 кГц нужно 7600 раз в секунду задавать новую скважность.

3) Какая нужна частота ШИМ? Между соседними отсчетами должно укладываться несколько периодов несущей. Больше — лучше. Сколько именно — зависит от требуемого уровня шума, аналоговых фильтров на выходе и т.д. (там довольно суровый матан). Для простоты возьмем частоту ШИМ в 10 раз выше частоты дискретизации — 76 кГц.

4) Какая должна быть разрядность ШИМ? Зависит от требуемого динамического диапазона. 8-битный ШИМ даст отношение самого громкого и самого тихого сигнала 256:1 (~24 дБ). 16-битный — 65536:1 (~48 дБ).

5) Какая в итоге нужна тактовая частота? F = (частота ШИМ) * 2^{(разрядность ШИМ)}. Для нашего случая с 8-битным ШИМом — почти 20 МГц. Если нужен phase-correct PWM — еще в два раза выше.

Увы, нет. Только опубликовать заново, потреряв все комментарии и рейтинг.

void setup()
{
//------ Timer0 ----------
TCCR0A = (1<<WGM01);   // Режим CTC (сброс по совпадению)
TCCR0B = (1<<CS00);    // Тактирование от CLK.
                       // Если нужен предделитель :
// TCCR0B = (1<<CS01);           // CLK/8
// TCCR0B = (1<<CS00)|(1<<CS01); // CLK/64
// TCCR0B = (1<<CS02);           // CLK/256
// TCCR0B = (1<<CS00)|(1<<CS02); // CLK/1024

OCR0A = 123;            // Верхняя граница счета. Диапазон от 0 до 255.
                        // Частота прерываний будет = Fclk/(N*(1+OCR0A)) 
                        // где N - коэф. предделителя (1, 8, 64, 256 или 1024)
TIMSK0 = (1<<OCIE0A);   // Разрешить прерывание по совпадению

//------ Timer1 ----------
TCCR1B = (1<<WGM12);    // Режим CTC (сброс по совпадению)
TCCR1B |= (1<<CS10);    // Тактирование от CLK.
                        // Если нужен предделитель :
// TCCR1B |= (1<<CS11);           // CLK/8
// TCCR1B |= (1<<CS10)|(1<<CS11); // CLK/64
// TCCR1B |= (1<<CS12);           // CLK/256
// TCCR1B |= (1<<CS10)|(1<<CS12); // CLK/1024

OCR1A = 2678;           // Верхняя граница счета. Диапазон от 0 до 65535.
                        // Частота прерываний будет = Fclk/(N*(1+OCR1A)) 
                        // где N - коэф. предделителя (1, 8, 64, 256 или 1024)
TIMSK1 = (1<<OCIE1A);   // Разрешить прерывание по совпадению

//------ Timer2 ----------
TCCR2A = (1<<WGM21);    // Режим CTC (сброс по совпадению)
TCCR2B = (1<<CS20);     // Тактирование от CLK.
                        // Если нужен предделитель :
// TCCR2B = (1<<CS21);                     // CLK/8
// TCCR2B = (1<<CS20)|(1<<CS21);           // CLK/32
// TCCR2B = (1<<CS22);                     // CLK/64
// TCCR2B = (1<<CS20)|(1<<CS22);           // CLK/128
// TCCR2B = (1<<CS21)|(1<<CS22);           // CLK/256
// TCCR2B = (1<<CS20)|(1<<CS21)|(1<<CS22); // CLK/1024

OCR2A = 234;            // Верхняя граница счета. Диапазон от 0 до 255.
                        // Частота прерываний будет = Fclk/(N*(1+OCR2A)) 
                        // где N - коэф. предделителя (1, 8, 32, 64, 128, 256 или 1024)
TIMSK2 = (1<<OCIE2A);   // Разрешить прерывание по совпадению

sei ();                 // Глобально разрешить прерывания
}

ISR (TIMER0_COMPA_vect)
{
    // Обработчик прерывания таймера 0
}

ISR (TIMER1_COMPA_vect)
{
    // Обработчик прерывания таймера 1
}

ISR (TIMER2_COMPA_vect)
{
    // Обработчик прерывания таймера 2
}

Вместо тега CODE тег SOURCE используй, юный падаван.

ATMEGA88PA-AU 1016
AT — код производителя (Atmel)
MEGA — серия контроллеров
88 — модель. Первая восьмерка — объем флеш-памяти, есть еще 48, 168, 328
P — технология picoPower (сниженное энергопотребление)
A — расширенная периферия (по сравнению с версией без буквы A) добавлены каналы ШИМ, режимы таймеров, еще по мелочи. Mega88A обратно совместима с mega88.
A — код корпуса (TQFP)
U — выводы луженые (бывает еще MH — покрытие «никель-палладий-золото»)
QFP32 — человеческое название корпуса

Последние 4 цифры — номер партии. Теоретически, по нему можно узнать ревизию контроллера (см. секцию Errata в даташите).

ATMEGA88-20AU 0634
20 — максимальная тактовая частота. Есть еще mega88L-10 — частота ниже, но шире диапазон питающих напряжений. Для новых контроллеров (mega88A) такая маркировка не применяется, они все работают в полном диапазоне напряжений, у них нет деления на speed grades (-/L/V)