Вам нужно научиться продумывать архитектуру вашей аппаратуры. Есть множество решений типа Modbus RTU или Modbus TCP(и различные другие протоколы) - когда есть ведущий контроллер и подчиненные контроллеры с адресами в общей сети. В зависимости от требуемого быстродействия(время передачи от головного контроллера к пину), разнесения оборудования между собой - применяется тот или иной протокол.
При локализации всех 500 сигналов в одном месте - можно сделать "монстра", который будет ими рулить, однако это не всегда целесообразно и на самом деле редко встречается, когда локально на одном квадратном метре формируется 500 сигналов.