А может не вирус, а проблема с диском... Бывает SSD уходят в режим RO
Тупо чтение работает, чтобы бэкап можно было сделать данных, даже система иногда грузится в таких ситуациях, но после перезагрузки все на своих местах остаётся к примеру после попытки удалить файл. Уж больно по описанию похоже больше на такую ситуацию.