Melkij

Будут, разумеется. Как вы контроллеру предлагаете обеспечить зеркало ёмкости 500гб на накопителе меньшего объёма? Контроллер закономерно откажется использовать такой диск в массиве.

Открываете документацию к контроллеру и ищете, есть ли в принципе возможность уменьшить размер виртуального диска. Может не быть.

Если у контроллера есть такая возможность - то сначала делаете бекап. Потом придумываете, как уменьшить использование диска до нового порога с точки зрения ОС. Уменьшить файловые системы, разделы диска и прочее что как-то использует ёмкость виртуального диска.
Затем делаете ещё бекап..
Затем следуете документации контроллера по уменьшению размера виртуального диска.
Затем меняете диск, ждёте ребилд, меняете второй диск.

Если контроллер так не умеет - делаете второй виртуальный диск меньшего размера, переносите на него систему, старый виртуальный диск удаляете.

mdadm --grow /dev/mdX -n 2

Решили что следующая схема распределения объема HDD будет наиболее подходящей:
SWAP - RAID1 - 5Gb
/ - RAID1 - 24Gb
/home - RAID5 - все оставшееся место

не трогаете sda вообще на данном этапе!

Вы забыли /boot упомянуть, предположу что считаем его как гигабайтный раздел без существенных изменений.
Игнорируем разметку sda полностью, делаете таблицы разделов на sd[bcd] как
1MiB bios_grub
1GiB boot
29GiB sys
всё остальное data

mdadm -C /dev/md0 -l 1 -n 4 missing /dev/sdb2 /dev/sdc2 /dev/sdd2
mdadm -C /dev/md1 -l 1 -n 4 missing /dev/sdb3 /dev/sdc3 /dev/sdd3
mdadm -C /dev/md2 -l 5 -n 4 missing /dev/sdb4 /dev/sdc4 /dev/sdd4 # другие опции по вкусу

ждёте resync, обновляете mdadm.conf, отправляете железку в ребут для проверки что массивы корректно собираются сами.

pvinit, vgextend новых md1 и md2 в имеющийся LVM
pvmove root и swap на md1, хомяка на md2

umount /boot , dd if=/dev/sda2 of=/dev/md0, grub-install /dev/sdb , grub-install /dev/sdc , grub-install /dev/sdd, обновить fstab вместо sda2 записать md0

контрольный ребут

vgreduce sda3 из lvm, удаляете таблицу разделов sda и создаёте новую идентичную прочим дискам,
mdadm /dev/md0 -a /dev/sda2
mdadm /dev/md1 -a /dev/sda3
mdadm /dev/md2 -a /dev/sda4

после resync всё готово. Через lvresize расширить размеры томов ну и resize2fs как обычно.

Отчего двойственный?
sdb1 - массив? Нет, это не массив. is not an md array
Том массива - да. device 0 in 2 device active raid1 /dev/md0

-Q, --query
Examine a device to see (1) if it is an md device and (2) if it
is a component of an md array. Information about what is dis‐
covered is presented.

Речь видимо о linux raid и конкретно выводе /proc/mdstat

Литера S в sdc1[0] (S) - обозначает spare диск, а не диск массива. То есть у вас в массиве md1 нет ни одного диска с данными. Необратимая потеря существовавщих данных, некуда писать новые. Потому массив переведён в статус неактивен, он бесполезен и требует вмешательства администратора.

Откуда в raid1 мог остаться единственный spare - например не успели синхронизировать данные.

Это вам как администратору должно быть виднее, зачем вам отдельный /home в 5гб и прочие фрагменты, нужны ли они и какого именно нужны размера.

А так чаще на гипервизорах /boot на отдельном разделе raid1, всё же остальное полезное собирается в lvm поверх рейдов (и виртуалкам целиком LV монопольно, а не файлики в ФС). Возможно в разные VG.

В /proc/mdstat только дисковые массивы, активные сейчас. И, опять же, только тома входящие в этот массив. Если вы делали странное (а вы делали странное) - то ядро вполне резонно решило, что желает пообщаться с оператором.

Вам необходимо взять тот диск, версию которого вы хотите оставить (поскольку вы с них загружались независимо друг от друга - у вас теперь два разных массива. md2, как видно, не модифицировался и пережил издевательства) и добавить необходимые разделы в массив. -r (remove) вполне ожидаемо отвечает что не может удалить том, которого в массиве нет.