Можно конечно сделать сцену конвертера. Но т.к. вопрос в другом, то в UnityEditor есть необходимые функции для этого, позволяет скрипту выполняться в эдиторе.
Он уже защищён по умолчанию, и его билд может делать только руководитель проекта (при правильной настройке прав).
Стопроцентной защиты от копирования нет)