KPOBABAK

# Действительно перенесет загрузчик и все нужные файлы для загрузки системы на системный диск
bcdboot c:\windows /s C: /l ru-ru /f ALL

(Подставить свои буквы)
так попробуйте. прям из под винды. или с winPE
у вас диски в MBR? доп разделов под загрузчик не вижу. видимо все на ед. разделе.

Отсутствие MSR раздела на GPT диске чревато не работающими обновлениями.
Сталкивался и на windows 10 и на серверных windows. Как только создаешь раздел - начинает нормально обновляться. Видимо какие то обновления его используют. Но не все - факт.
Но для работы ОС с внешнего накопителя требуется дополнительные манипуляции. Система может не увидеть диск к примеру из за поздней инициализации USB. Гугли... все есть.

Там есть lock файл. если его удалить. то машинка будет нормально вырубаться.
лежат тут /var/lock/qemu-server

Путь к файлу блокировки обычно показывает если из консоли выполнить одну из команд.
qm shutdown
qm stop