KPOBABAK

# Действительно перенесет загрузчик и все нужные файлы для загрузки системы на системный диск
bcdboot c:\windows /s C: /l ru-ru /f ALL

(Подставить свои буквы)
так попробуйте. прям из под винды. или с winPE
у вас диски в MBR? доп разделов под загрузчик не вижу. видимо все на ед. разделе.

Отсутствие MSR раздела на GPT диске чревато не работающими обновлениями.
Сталкивался и на windows 10 и на серверных windows. Как только создаешь раздел - начинает нормально обновляться. Видимо какие то обновления его используют. Но не все - факт.
Но для работы ОС с внешнего накопителя требуется дополнительные манипуляции. Система может не увидеть диск к примеру из за поздней инициализации USB. Гугли... все есть.

Там есть lock файл. если его удалить. то машинка будет нормально вырубаться.
лежат тут /var/lock/qemu-server

Путь к файлу блокировки обычно показывает если из консоли выполнить одну из команд.
qm shutdown
qm stop

algorius net viewer поставь, для твоей задачи самое оно.
нарисуй карту сети, настрой мониторинг важных узлов. проведи инвентаризацию.
маст хэв короче. (в сети есть лекарство если чо)