MSR раздел не обязателен для работы windows, он появится только при выборе типа разбиения диска gpt, он может понадобиться для задач, которые невозможно выполнить из рабочей системы (так как у меня такого раздела не было я хз какие это, погугли) с этого раздела система запустит мини версию себя.
p.s. запуск windows со внешнего usb накопителя это нештатная (читай запрещенная) ситуация, почти наверняка у тебя будут проблемы с созданием файла подкачки, установки драйверов штатным способом или еще что. Обновление тоже наверняка не установится.