(Добавлю что хост весьма удаленный и физического доступа к нему нет)
В общем решение было у меня такое...
Так как я мог посмотреть текущую конфигурацию RAID 1
sdd 8:48 0 2.7T 0 disk
├─sdd1 8:49 0 512M 0 part
└─md0 9:0 0 511.4M 0 raid1 /boot
├─sdd2 8:50 0 100G 0 part
└─md1 9:1 0 100G 0 raid1
├─vg0-root 253:0 0 15G 0 lvm /
└─vg0-swap 253:4 0 6G 0 lvm [SWAP]
├─sdd3 8:51 0 1M 0 part
├─sdd4 8:52 0 2T 0 part
└─md126 9:126 0 2T 0 raid1
├─vg_hdd-data 253:2 0 200G 0 lvm /mnt/data
└─vg_hdd-data2 253:3 0 1000G 0 lvm /mnt/data2
я вручную создал аналогичные большие разделы с типом linux RAID и раздел 1М аналог sdd3 сделал с типом bios boot на новом диске. Добавил нужное в raid 1. Потом установил загрузчик grub на новый диск (для этого видимо и нужен раздел 1М на старом диске).
После синхронизации я перегрузил систему и все успешно стартовало с нового диска sdc. Второй диск из массива вылетел, и я уже правильной командой скопировал структуру разделов sdc обратно, поставил загрузчик и заново добавил нужное в raid 1.