АртемЪ

Ставить гипервизор можно на что угодно. Это не критично, и разницы вы не заметите.
А вот хранить сами виртуальные машины лучше на SSD. Это очень заметно повышает быстродействие вообще и быстродействие файловой системы в частности.

Хм, что-то невероятное.
Если это файловый сервер, то никаких файлов аутлука в памяти просто не может быть.

Точнее они могут быть открыты в кэше, т.е при чтении и записи с диска. И никак иначе. А содержимое дискового кэша в этой утилите вы не увидите.
Скрин утилиты можете показать?
Какой процесс занимает место в памяти?
Если вы видите эти файлы в памяти, значит они открыты на этом сервере, и значит это не только файловый сервер!
Посмотрите список установленных программ, на вашем файловом сервере, и я уверен что вы увидите там outlook.

Создание raid1 возможно сделать практически во всех современных операционных системах известных мне.
Т.е все версии Windows начиная с висты, это поддерживают.
Панель управления- администрирование- управление компьютером- управление дисками.
Клацаем на нужный диск правой клавишей мыши и выбираем -"создать зеркало"

Но что будет с бэкапами? Я так понимаю если файлы были дедуплицированы, то и в бэкапе они будут в том же состоянии?

Неправильно. Если делать бэкап средствами windows, то они попадут в бэкап в нормальном состоянии.
А если вы к примеру попоробуете подмонтировать этот диск к другой системе и прочитать - вы просто их не прочитаете.

стоит ли включать дедупликацию на диске с архивами?

Ну это сильно зависит от того как вы архивируете.
Если вы пишите в архив данные полностью, тогда конечно стоит.
А если у вас в архив пишутся только изменения данных, то там нечего дедуплицировать будет.

Дедупликацию стоит использовать там где хранится много однотипных данных.
Технология стабильна и безопасна.
Дедуплицированный диск прекрасно прочитается на другой машине с server 2012 если там тоже включить службу дедупликации.
Ну и стоит помнить такую вещь - дедупликация это в первую очередь очень сильная фрагментация данных.
Поэтому если у вас на hdd лежат данные к которым нужен быстрый доступ, то это не самое лучшее решение.
Если диск ssd, то там фрагментация роли не играет, поэтому можно так делать.

Будет ли работать извращение с RAID и Hyper-V?

а почему извращение?
С каких пор RAID стал извращением?

Примерно так же, но только вместо RAID используется SSD-диск.

тоже можно, но надо учитывать то что не всякий рэйд умеет работать с SSD, например передавать trim. Если конкретный рейд этого делать не умеет, надо принимать меры, иначе скорость записи просядет.
Ну и надо понимать что с рейдом скорость работы с диском несколько упадет.

Мне интересно, действительно при таком раскладе увеличится ли скорость обмена между файловой базой 1С и конечными пользователями

Если дисковая подсистема является узким местом, то да несколько увеличится в некоторых случаях. Но на быстродействие 1с это мало повлияет.

Смотря что вы администрировать собрались.
Системный администратор понятие довольно обширное.
Сисадмин может админить сеть, сервер, БД, заниматься безопасностью, тянуть провода на чердаке, заправлять принтеры в подсобке.

Путь - не очень подходит, т.к. пользователь может переместить свой файл в эту папку и там ее выполнит.

Самое первое что стоит сделать для обеспечения безопасности на рабочих станциях - запретить исполнение программ откуда попало.
Т.е на всех машинах в сети запрещаете исполнение программ из тех папок, куда пользователь имеет права на запись.
И свою проблему решите, и от вирусни защита лучше всякого антивируса.

Bacula и напильник творят чудеса.

Вообще я бы не рекомендовал совмещать на одном сервере работу с 1с и видеонаблюдение. Но если уж сильно нужно и разделить это никак, то данные с камер нужно писать на отдельный диск, не тот на котором база.
И самое главное это возможно только если камеры цифровые. Под аналоговые камеры однозначно сервер должен быть обособлен. И нужно прикинуть какая скорость записи на диск будет от камер - т.е узнать какой поток будет от каждой камеры и суммировать. Если камер еще нет, то надо озвучить какие камеры нужны - т.е где они будут стоять на улице или в офисе и что контролировать.
Вообще в идеале было бы лучше взять ip камеры и недорогой NAS.

По поводу 1с - для работы файловой УТ в терминале на 4-5 пользователей много ресурсов не нужно, в принципе оптимально думаю core i5, 8г ram и желательно ssd в raid1 на котором будет ОС и база 1с.
Если сервер будет в другом городе для удаленной работы настройте терминал, а на случай если надо будет перезагрузить или что то сделать в биосе желателен ip-kvm.
Как вариант купите плату на чипсете intel Q77 или Q87 c поддержкой технологии intel AMT и вы сможете дистанционно перезагружать компьютер, конфигурировать биос, включать и выключать его.
Обязательно позаботьтесь о наличии белого IP адреса у провайдера для удаленного доступа, если канал не вызывает доверия, сделайте резервный канал. Например недорогой роутер с проводным каналом и свистком йота в качестве резерва. Заранее пробросьте порты.
Сделайте образ системного диска - если вдруг полетит система, чтобы можно было восстановиться из образа.
Ну и не забывайте про ежедневные бэкапы.

(1)Да клиентские лицензии нужны. Т.е нужны лицензии майкрософт CAL 5штук и пользовательские лицензии 1с 5штук
2)Можете, но зачем? Лицензии нужны - майкрософт RDS CAL 5штук и пользовательские лицензии 1с 5штук.
3)Смотря что вы подразумеваете под 1с. Под линуксом можно запустить 1с сервер, и SQL. Нужно купить сервер 1с и пять клиентских лицензий 1с.
Файловый вариант запустить под линуксом невозможно.