Но что будет с бэкапами? Я так понимаю если файлы были дедуплицированы, то и в бэкапе они будут в том же состоянии?
Неправильно. Если делать бэкап средствами windows, то они попадут в бэкап в нормальном состоянии.
А если вы к примеру попоробуете подмонтировать этот диск к другой системе и прочитать - вы просто их не прочитаете.
стоит ли включать дедупликацию на диске с архивами?
Ну это сильно зависит от того как вы архивируете.
Если вы пишите в архив данные полностью, тогда конечно стоит.
А если у вас в архив пишутся только изменения данных, то там нечего дедуплицировать будет.
Дедупликацию стоит использовать там где хранится много однотипных данных.
Технология стабильна и безопасна.
Дедуплицированный диск прекрасно прочитается на другой машине с server 2012 если там тоже включить службу дедупликации.
Ну и стоит помнить такую вещь - дедупликация это в первую очередь очень сильная фрагментация данных.
Поэтому если у вас на hdd лежат данные к которым нужен быстрый доступ, то это не самое лучшее решение.
Если диск ssd, то там фрагментация роли не играет, поэтому можно так делать.