АртемЪ

Что технически правельно? Hyper-v 2012 R2 или Windows SRV 2012 R2 и внутри Hyper-v 2012 R2?

Зависит от конкретной ситуации. Допустимы оба варианта.
Просто второй вариант не очень хорош когда у вас несколько виртуалок, распределение ресурсов не совсем корректное будет. Если у вас чисто SRV 2012 R2 стоит под виртуализацией - вообще без разницы.

в 1 случае у нас меньше прослоек ( гипервизор --> ОС ) и шеф всё пропало при сбое гипервизора.

А вот и не правда ваша!
Количество прослоек одинаково в обоих случаях.
В первом случае работает гипервизор, под ним запущен SRV2012, во втором случае точно так же запущен гипервизор, и под ним запущен SRV2012, только приоритеты немного по другому расставляются.
Но в любом случае они работают под гипервизором!

Что касается - "шеф все пропало" - почему? Банально поднимаете другой гипервизор, и включаете под ним свою виртуалку.

Как много нужно ресурсов для этого в разрезе "процессов/озу/диск"

Только тестированием - ставим, запускаем мониторим нагрузку и принимаем решение добавлять или нет ресурсов.
Потому что сайты разные, как по начинке, так и по посещаемости, да и VDS одинаковых не бывает, а уж учитывая тот факт что во многих случаях ресурсы VDS выдаются динамически и не являются гарантированными вообще весело.

Что по поводу безопасности? Фаервола достаточно или какой-нибудь антивир лучше?

Нужен файервол нормальный железный, который обеспечивает доступ только к нужным портам WinServer, штатный файервол тоже настроить. Никаких онлайн антивирусов - на веб сервере антивирус это нечто невообразимое. С другой стороны если у вас идет массовая загрузка файлов - ну неплохо бы каким нибудь сканером антивирусным их проверять, но это уже явно не к безопасности сервера относится, а к качеству услуг пользователям.

Как удобнее управлять? Может какая-то вебпанель бесплатная для Windows есть

?
Вебпанелями не стоит пользоваться и на Linux машинах, а уж на windows. Непонятно чем не устраивает стандартный GUI?
Если у вас сервер без GUI - есть повер шелл, и подключение локальной оснастки к удаленному серверу.

Указать компьютер с прокси как шлюз.

Почему многие компании используют Windows Server?

Потому что у нее есть множество явных преимуществ. Разумеется в некоторых ситуациях одно и тоже может быть как преимуществом, так и недостатком.

Самое главное преимущество Windows Server - популярность. Это в принципе решающий фактор.
Зайдите в сотню случайно взятых среднестатистических офисов, и в 95 из них будет инфраструктура на основе решений MS Windows. Поэтому есть множество специалистов, есть пользователи привычные к работе в этой среде.
Решения на Linux зачастую (не всегда) оказываются намного дороже - экономим на покупке, и попадаем на бабки, на поддержке, или вообще не получаем поддержку.

Время от времени на терминальных серверах Windows Server 2012 и 2012 R2 процесс System дает высокую нагрузку на ЦП, вплоть до 50+%

Это нормально.
Смотрите что именно грузит систему, посмотрите в мониторе ресурсов какие файлы при этом используются.
По приведенным скриншотам можно разве что сказать что пользователи активно используют буфер обмена.

Почему в windows так дебильно пишутся коды большей части ошибок и как их диагностировать?

Потому что они предназначены для разработчиков и технических специалистов поддержки.

net user "VasyaPupkin" "123" /add
Обход текстового файла сами напишите?

Как организовать резервное копирование сервера на Win 2012?

Бэкап образа системы и ценных файлов стандартными средствами архивации на сетевой диск.
Если слетел софт, система - грузитесь с установочной флешки и восстанавливаете систему из образа.
Если полетело железо, меняете железо, грузитесь с установочной флешки и восстанавливаете систему из образа.

Во избежание затирания бэкапа лучше его дублировать еще в одном месте, недоступном с сервера.
Делать бэкап нужно от специального пользователя, кроме него никто не должен иметь прав на запись в эту сетевую папку, даже администратор.

Вопрос заключается в том, что мне хотелось бы узнать о основных дырах и узнать как их закрывать.

Если узнать - это на спец. ресурсы которые специализируются на поиске и описании уязвимостей.
Если просто нужно закрыть - накатите обновления, знать о уязвимостях для этого не обязательно.

Просто винда она больше для локальных сетей, и не стоит пихать ее голым задом в интернет.
По хорошему винда сидит в локалке, а в интернет смотрит роутер - и доступ из интернета к ней либо вообще закрыт, либо открыты некоторые нужные порты.

А на самой винде -поменьше сидеть под админом, давать пользователям только необходимые права, не разрешать запуск каких попало приложений.

Различия между Windows Server 8, 12, 16?

Windows Server 8 - такого нет.
Windows Server 2012 - более старый релиз.
Windows Server 2016 - более новый релиз.

Есть разница на кой системе начинать изучение?

Есть - если будете изучать 2012, то не узнаете о куче новых технологий реализованных в 2016, если будете изучать 2016, то столкнувшись на практике с 2012 не сможете его нормально настроить из-за отсутствия поддержки в нем некоторых технологий к которым вы привыкли.

Пытаюсь поднять OpenVPN сервер по этой инструкции, пробовал по разным, и постоянно выскакивает такая ошибка:

Такое всегда бывает если инструкцию читать невнимательно и выполнять.

В инструкции все разжевано, прям по пунктам, главное их выполнять -

Запускаем командную строку.

Вы запустили командную строку? Нет, не запустили. Зато запустили PS.

Нужно часто и оперативно переключаться между пользователями.

Самое быстрое - RDP можно за две секунды переключаться на другого пользователя.

Я не знаю что такое автокликер, но могу предположить что это программа автоматически выполняющая некоторые действия в GUI - вроде перемещения мыши и нажатия клавиш.
Если это так - то все так и должно быть.

Выполнять какие-то действия в GUI можно только при активном сеансе подключения, нет активного сеанса, нет GUI, негде нажимать просто.
Держите окно терминала открытым.
Либо подключайтесь не через RDP, а локально. Совершить локальное подключение на удаленный компьютер можно с помощью TW. После этого подключение можно закрыть, и все будет работать.

И вот суть вопроса: через 7 дней он выключится и счётчик обновится опять на семь дней или сервак не включится или ещё чёрт знает что?

Полностью не отключится, просто будет периодически падать -ибо защита. Но нормальной работы в домене не получится.
Эта лицензия предназначена именно для небольших организаций где 5-10машин надо в домен засунуть, поэтому если домен, то это контроллер.

Смотря что вы хотите мониторить -

• Если нужен мониторинг нагрузки - это счетчики производительности в административных остнастках. Или утилиты Руссиновича
  
• Если нужен мониторинг состояния - надо просто читать SMART,
  берете любую консольную утилиту вроде smartmontools и засовываете батник запускающий ее в планировщик.
  Если легких путей вы не ищите, и любите работать исклчительно штатными средствами можно в PS вытаскивать через WinAPI атрибуты SMART.
  

И вот на днях сервер стал сильно подвисать, я вот полагаю что это из-за этого. Возможно ли такое??

Что стал подвисать - возможно.
Из за настройки прав - нет.

И вот еще вопрос как можно организовать процесс распределения прав на каталоги для пользователей более грамотно???

Чтобы ответить на этот вопрос нужно как минимум знать как у вас организовано сейчас.

Может ли дедупликация данных на жеском диске, увеличить производительность Hyper-v?

Дедупликация данных это задача которую выполняет компьютер используя свои ресурсы.

Ваш вопрос звучит примерно так - "может ли поездка на машине увеличить мощность машины?"

В результате дедупликации данные занимают меньше места на жестком диске, увеличивается фрагментация данных, увеличивается время доступа к данным.