Что технически правельно? Hyper-v 2012 R2 или Windows SRV 2012 R2 и внутри Hyper-v 2012 R2?
Зависит от конкретной ситуации. Допустимы оба варианта.
Просто второй вариант не очень хорош когда у вас несколько виртуалок, распределение ресурсов не совсем корректное будет. Если у вас чисто SRV 2012 R2 стоит под виртуализацией - вообще без разницы.
в 1 случае у нас меньше прослоек ( гипервизор --> ОС ) и шеф всё пропало при сбое гипервизора.
А вот и не правда ваша!
Количество прослоек одинаково в обоих случаях.
В первом случае работает гипервизор, под ним запущен SRV2012, во втором случае точно так же запущен гипервизор, и под ним запущен SRV2012, только приоритеты немного по другому расставляются.
Но в любом случае они работают под гипервизором!
Что касается - "шеф все пропало" - почему? Банально поднимаете другой гипервизор, и включаете под ним свою виртуалку.