Единая точка входа - один php файл, (обычно index.php лежащий в корне сайта), в который попадают все запросы ко всем страницам. Он запускает движок и вызывает
router (маршрутизатор) - скрипт, который по url определяет какой раздел и какая страница запрошена. Ориентируясь на правила прописанные в маршрутизаторе он запускает нужный модуль (читайте про
mvc). Там где-то происходят обращения в базу данных, какая-то бизнес-логика работает, и в итоге данные передаются в
шаблонизатор, который выдает HTML код.
Чтобы самому не изобретать всё с нуля можно взять набор готовых компонентов. Такие наборы называются
фреймворками.
Это все подходит не только для крупных сайтов, а для любых проектов, где больше одной страницы.