Журналируемая ФС, каждый элемент журнала подписывается цифровой подписью пользователя. Так можно исключить подделку времени третьими лицами. Чтобы исключить подделку времени самим пользователем, отправлять хеш файла на сервер, который будет удостоверять модификацию файла своей подписью: «ID системы такой-то, файл такой-то, хэш изменений (или хэши файла до/после) такой-то, дата, время, цифровая подпись».
Без привлечения третьей стороны и использования физических методов (радиоактивные метки, саморазмагничивающиеся HDD...) — боюсь, что никак.
Задним числом, по уже существующим файлам — точно никак.