На винде есть каталоги, в которые по умолчанию нельзя заходить даже повышенному админу. В частности, это System Volume Information, в который складируются точки восстановления и который, таким образом, может занимать неимоверные объёмы. Поскольку зайти в него нельзя, то и в подсчёте размеров он не участвует, отсюда и разница в подсчитанном и реальном размерах. Можно выставить себе разрешения на доступ в этот каталог и потом уже посмотреть, сколько он занимает.