ISO - обычный файл (архив). А вирус - обычная программа.
Чем отличается изменение ISO образа через программу для редактирования ISO образов от изменения его программой-вирусом?
Вирусы как правило запускаются вами, т.е. программа запускается с обычными правами, которые позволят прочитать и изменить iso-образ. Повторяю, действия вирусов ни как не отличаются от действий программ для редактирования iso-образов.