Может стоит как то по-другому организовать общение адруинки с телефоном? Преобразование фурье - весьма процессороемкая операция +возможны всякие шумы и прочее.
Как альтернатива - если вам надо просто передать какое то состояние - кодируйте его либо длиной сигнала, либо даже бинарным вариантом посылайте: 0 - есть звук, 1 - нет звука, а потом декодируйте.