Есть книжка по архитектуре UNIX, вот в ней можешь найти все принципы устройства.
"Архитектура операционной системы UNIX." Бах Морис
Можешь и какие-нибудь упрощённые книжки поискать для поверхностного изучения.
1. Если директива и файл это просто inode с разным флагом внутри него, тогда откуда VFS или ядро знает что условно в папке /etc/ лежат всякие файлы(другие inodes) - это я пока не понял, не могу найти ни каких внутренних ссылок между собой файлов и директорий ?!
Есть начальный inode, который указывает на список дальнейших inode, которые указывают на списки дальнейших inode.
Директория является как бы файлом, в котором записаны пары (имя, inode) других директорий и файлов.
Где вообще этот жуткий "/" хранится?
В файловой системе (в заголовке) записан адрес на диске, где начинается самый первый inode. Потом он читается и из него получаются адреса последующих inode.
А сам inode представляет из себя метаданные (данные о данных), где указаны всякие флажки и адрес на диске, где хранится уже содержимое файла.