Если есть возможность остановить запись/изменение таблицы - наиболее быстрым методом будет следующая схема.
1.
Создаем новую таблицу table2 со структурой аналогичной исходной table1.
2.
insert into table2 (select distinct ... from table 1);
в случае если структура сложная - можно вместо distinct использовать group by
3.
drop table1;
4.
Переименовываем table2 в table1;