Смысл в том, что все пакеты, зависимости итд можно упаковать в 1 контейнер, который с помощью 1 yml файла потом можно поднять фактически где угодно ( на любом линукс) с вероятностью в 99%
В случае же стандартной установки пакетов и зависимостей - их потом придется ставить на прод, что может создавать сложности, если там работает множество сервисов...
Ну банально упрощает развертывание. Но обычно этим занимаются девопсы конечно, а не прогеры... Но проблема в том, что только прогеры знают, какие зависимости и каких версий должны стоять, так что эти вопросы придется решать)