paste -d\\0 file1 file2 > file12
Проверял на Mac OS, возможно, в Linux результат будет иным, так чтоman paste
в помощь. корень репозитория должен быть корнем сайтаэто бред.
после коммита должен быть сразу доступен в браузерехук на комит, и у вас в document root лежат свежие файлы.