А чего там сложного, наоборот очень гибкий настройках. Если объём данных небольшой и требуется точная синхронизация, то параметры под линуксом типа таких:
rsync -a -с --rsh='ssh -c arcfour -o Compression=no -x -l user' --progress --exclude '.*' /dir1/ user@x.x.x.x:/dir2/
Если надо быстро синхронизировать только по размерам, то убираем ключь -c и добавляем --size-only
Человек rsync обязательно осилит, если WinSCP не умеет этого делать автоматически из коммандной строки. В принципе, Котеров как-то писал про свой опыт работы с rsync на примере той же задачи- оказалось не так уж и тяжко.