Написать свой кодировщик или делать кусок вашего приложения как SaaS. Какой бы не был кодировщик — это защита от дурака, если кому нужно посмотреть код, то уже ничто не поможет.
Сделайте wiki и phpdoc раздел по коду и если будут трения всегда можно сослаться, что вы раньше разместили свой код и отсудить. Ну а так подумайте хорошо — кому он нужен кроме вас и что в нем такого интересного, что не знают другие. Обычно закрывают код проверки лицензии, остальное все открыто для редактирования. Гляньте в
эту сторону.