Ай, молодца! Я даже знаю, где ты нашел этот прости-Господи-совет - там, где обычно советуют все проблемы с таблицами разделов решать таким вот путем перезаписи. Совет этот в принципе неплох, но у него есть один недостаток - он рассчитан на людей, которые знают, что делают
А не на копипастеров, которые понятия не имеют, что произойдет после той или иной команды.
То есть, первая команда была вполне безопасна - она просто сохранила текущую таблицу разделов в файл, тем не менее предупредив о существовании (с ее точки зрения) ошибки. Сразу вопрос - почему gdisk, а не fdisk? fdisk прекрасно понимает GPT и все такое.
А вторая команда - переписала таблицу разделов сообразно тому, что прочитала первая (и вовсе не факт, что правильно). Причем Вас честно предупредили - "чувак, мы сейчас перепишем нахрен все разделы!". Ну вот, за что боролись - на то и напоролись :)
Теперь брать средства ремонта удаленных разделов и восстанавливать :)