Бандлы - самодостаточные модули инкапсулирующие какие-то сервисы и прочую штуку. По сути это расширения для DependencyInjection, если очень грубо.
Модели - это те самые Entity грубо-говоря. Вообще есть такое понятие как Доменная-модель. Это просто структура данных, сущности которыми оперирует бизнес логика. Последняя должна быть инкапсулирована в сервисы (всякие UserManager, PostManager и т.д.). В Yii модели смешаны с сервисным слоем и по этому у вас получается путаница.
Что до кода... есть распространенный подход иметь свой AppBundle и фигачить все в нем. Есть так же рекомендуемый подход - не использовать бандлы вообще. То есть.... бандлы должны быть самодостаточны и их основное предназначение - реюз логики между проектами. Бизнес-логику приложения реюзать у вас не выйдет, поэтому рекомендуется просто писать код и регистрировать его в app/Resources/config/services.yml или что-то в этом духе, как именно решать вам. Профит в том что вы на замарачиваетесь всей этой фигней с бандлами и у вас возникает меньше вопросов по структуре. А если же вы захотели что-то вынести в бандл - например сервисы для авторизации которые реально можно реюзать, то вам никто не помешает это сделать. В итоге у вас будет структура проекта приблизительно такая:
| - app
| - var
| - src
| - Controller
| - Entity
| - Bundle/
| - MyAuthBundle/
| - web
ну как-то так. Как не странно такой подход не сильно распространен в Symfony-сообществе хотя его рекомендуют в недавно вышедшем бест практис буке и в принципе эта струтктура более чем логична.
Что до виджетов, в Symfony2 есть HMVC. То есть вы можете сделать эдакие под-запросы на другие контроллеры внутри вьюшек. Можно скажем все "виджеты" инкапсулировать как отдельный контроллер с методами и дергать их из вьюшек.
<div id="sidebar">
{{ render(controller('AcmeArticleBundle:Article:recentArticles', {
'max': 3
})) }}
</div>
Это дает больше гибкости, внутри каждого контроллера можно дергать другие контроллеры. Можно прикрутить кеширование на уровне обработки запросов (кешировать скажем все подзапросы по каким-то критериям) и т.д.
