Донести до заказчика, что твоя подпись - аналог подписи Рембранта, которая поможет другим, его коллегам, при выборе исполнителя.
JS, конечно интересно, но он больше поможет для контроля здоровья сайта, взятого на постоянное обслуживание или мониторинг.
В моей практике было, когда у заказчика сменилось руководство и они решили обратится за доработками к конкурентам. В какой-то момент, моя подпись пропала, я позвонил конкурентам - подпись вернули и поставили свою рядом с моей.
В последствии сайт изменился кардинально. И внешне, и внутренне. Тогда я позвонил конкурентам второй раз и они убрали мою подпись, а я убрал этот сайт из портфолио.
Самая лучшая защита - работать так, чтобы клиенты могли хвастаться: "смотри, кто мне сайт разрабатывал!" :)