Barmunk

0) В БД не обходимо добавить поле - письмо отправлено (boolean или дата).

Тогда алгоритм следующий:

1) cron с нужной периодичностью запускает скрипт;
2) скрипт делает выборку по дате (>5 дней от запуска скрипта и кому еще не отправлялось письмо);
3) скрипт отправляет письмо;
4) после отправки ставит флаг письмо отправлено или записывает дату отправки (необходимо для предотвращения повторной отправки).

groupBy

$usersByYear = $users->groupBy(function ($user) {
	return $user->created_at->year;
});

UPD: не увидел что нужно по месяцам. Но сути не меняет, вместо year вернуть год и месяц.

Если делать корректно - то вам стоит использовать libphonenumber, есть её порт на PHP.

Однако если речь идёт о частном случае - то всё можно сделать намного проще:

function formatPhone($phone)
{
    $number = preg_replace('/\D+/', '', $phone);
    if (strlen($number) === 10) {
        $number = '7' . $number;
    }
    return [
        'display' => sprintf('+%s (%s) %s-%s-%s', substr($number, 0, -10), substr($number, -10, 3), substr($number, -7, 3), substr($number, -4, 2),
            substr($number, -2, 2)),
        'link'    => sprintf('tel:+%s', $number),
    ];
}

$phone = '(495) 123-45-00';
$formatted = formatPhone($phone);

echo "${formatted['display']}\n{$formatted['link']}\n";

Посмотреть вживую можно здесь.

Плох и тот и другой вариант.

Он подразумевает что вывод идёт прямо вперемешку с запросами к БД. А надо сначала выполнить все запросы, собрать все данные для вывода, и только потом начинать выводить.

<?php
if (isset($_POST['register'])) {
    if ($user) {
        $error = "This email address is already associated with an account.";
    }
  // остальные проверки

и только после того как закончили все проверки, начинаем выводить хтмл.

А вот что в этих кусках кода действительно плохо - это то что переменная пихается прямо в запрос.

Да. И никакого "накладного расхода" при испльзовании echo, тем более по сравнению с другими вариантами вывода, в природе не существует - это всё бабкины сказки.

Для начала нужно выбрать что-то одно.
Знать по чуть-чуть во всех областях бесспорно полезно для саморазвития, но на начальных этапах это прямой путь в дешевый фриланс и "сайт под ключ за 5-10-20 т.р".

Хотите работать верстальщиком - учите html/css/less и т.д.;
Хотите в будущем быть frontend - учите какой-нибудь модный js фреймворк по вкусу (react / angular / vue);
Хотите в бек в модные проекты - учите что-то из списка PHP / Python / Go (но что-то одно) + работу с базой;
Хотите в бек в энтерпрайз - учите Java + опять же работу с базой;
Хотите в мобильную разработку - учите swift для ios или kotlin для android (но опять же что-то одно);

Откройте HH, почитайте вакансии для начинающих, почитайте вакансии для опытных, составьте себе roadmap кем вы хотите быть через пол года, через год, через 3.

Любой нерелевантный опыт будет полезен только при трудоустройстве в мелкую компанию где вы будете делать первое, второе, третье, а параллельно админить 1с и менять катриджи в принтере.
В любых крупных IT компаниях действует жесткая специализация.

Кто ж вас редбину-то учит, не давая даже базовый синтаксис?
Переменную никогда не передают прямо в запрос. Её надо передавать отдельно.

echo  json_encode(R::getAll('SELECT * FROM `category` WHERE `id_user` = ?', [$id_user]));

<?php
        /** @var bool */
        public $exit = true;
        /** @var bool */
        public $exitFullUsage = false;
        /** @var bool */
        public $help = true;
        /** @var bool */
        public $optionsFirst = false;
        /** @var ?string */
        public $version;

это объявлены свойства, которые можно будет получить через $object->{ $name }; (потому как они помечены как публичные)
для удобства работы в PhpStorm и чтения указаны их типы данных, когда часто работаешь с кодом позволяет не тратить время на то, чтобы долго не вкуривать и не разбираться. Достаточно знать что там лежит.

<?php
      public function __construct($options=array())
        {
            foreach ($options as $k=>$v) {
                $this->$k = $v;
            }
        }

На вход бросается массив, который потом проходится по очереди каждый элемент и втыкивается в свойства которые обьявлены выше. Доллар после стрелки означает что само имя должно быть подставлено.

Но код косячный потому что пхп позволяет обьявлять свойства динамически. То есть даже если поля нет, его можно передать и оно появится. Надо проверять еще

<?php
if (! property_exists($this, $k)) throw new \Exception('Нет свойства');